בשנת תרצ"ז (1937) עבר ממונקץ' לאנטוורפן שבבלגיה. בשנת ת"ש כשהגרמנים התקיפו את בלגיה ברח לצרפת, אולם לאחר שראה שהגרמנים הגיעו גם לשם חזר לבלגיה. בזמן הגירושים התחבא ועבר ממקום למקום. בשבת הגדול תש"ג (1942) לכדו אותו הנאצים והעבירו אותו למחנה הסגר במכלן ומשם לאושוויץ. היה בצעדת המוות ובמהלכה הצליח לברוח לכפרים מסביב. איבד את אשתו וששת ילדיו בשואה, רק בת אחת שרדה. עלה לארץ ישראל והתיישב בירושלים.

חתנו ר' אהרן יצחק וייס הו"ל (תשס"ב) את שלושת ספריו בכרך אחד: "בית מרדכי" סיפורי צדיקים, "דברי מרדכי" פרוש על פרקי אבות, "מגילת מרדכי" - קורותיו בשואה (ירושלים תמוז תשי"ט).

לקריאה - בית מרדכי לקריאה - מגילת מרדכי